在用友软件中删除部门通常需要遵循以下步骤：

确认部门未使用

确保要删除的部门没有在系统中使用，例如没有分配给任何员工或没有关联到任何业务单据。

处理相关账务

检查部门下是否有未结账的业务，如订单、收入等，并确保这些业务已处理完毕。

如果部门下有未开票的增值税票据，需要先开完票据并在票据管理中注销。

处理工资管理

确认部门下是否有未结算的工资，并在成本中心管理中将其清零。

处理合同管理

检查部门是否涉及任何合同，如果有，需要先处理这些合同。

删除部门

进入组织管理模块，找到要删除的部门，点击编辑按钮。

将部门下所有员工转移至其他部门或者离职。