免疫组库研究手段多样，如多重PCR、5’RACE等，但传统方法难以精确掌握单个细胞的BCR和TCR状态，难以实现TCR/BCR双链的精确匹配。2015年，10x Genomics推出的Chromium单细胞系统平台，利用微流控与油滴封装技术，实现高通量单细胞转录组与单细胞V(D)J测序，不但能完美匹配TCR/BCR双链，还能深入单细胞层面，获取表达谱信息。当前，该技术已成为单细胞免疫组库研究的主流技术。那么，如何分析10x单细胞免疫数据？分析结果包括哪些内容？本文将探讨单细胞免疫组库测序数据分析的相关话题。

首先，VDJtools工具能快速处理免疫组库数据。针对10x vdj数据，VDJtools同样适用。以下是具体步骤与结果：

1. 软件下载：Linux用户可从指定链接下载zip安装包，内含所需jar文件，无需编译，下载即用。VDJtools绘图需调用R，因此需先安装相关R包，可通过VDJtools命令一键安装。

2. 输入文件格式：包括示例数据下载，数据格式说明，以及输入数据需用制表符分隔等。

3. 格式转换：对10x免疫组库数据，利用cellranger得到结果后，从filtered_contig_annotations.csv中提取信息，转换成所需格式。

4. 分析：VDJtools包含六个分析模块，包括基础信息统计、多样性评估、样本间overlap、过滤与重采样、Clonotype操作和注释等。

接下来，详细介绍了VDJtools各模块的使用方法及结果展示。通过高效分析，10x单细胞免疫组库数据能呈现出高品质的图谱。若对单细胞免疫组库研究感兴趣，欢迎与我们联系。

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